هو من أهم المساجد الإسلامية، أقامه جوهر الصقلي قائد الخليفة المعز لدين الله الفاطمي، فى 11 شعبان سنة 358 هـ يوليو 969م ليكون جامعا ومدرسة لتخريج الدعاة الفاطميين, ليروجوا للمذهب الإسماعيلي الشيعي.
أقيمت فيه أول صلاة جمعة في 7 رمضان 361هـ 972م، وقد سمي بالجامع الأزهر نسبة إلى السيدة فاطمة الزهراء التي ينتسب إليها الفاطميون.
وفي سنة 378هـ 988م جعله الخليفة العزيز بالله جامعة يدرس فيها العلوم الباطنية الإسماعيلية للدارسين من أفريقيا وآسيا، وكانت الدراسة بالمجان.
وبعدما تولي صلاح الدين سلطنة مصر منع إقامة صلاة الجمعة به وجعله جامعاً سنيًا وأوقفت عليه الأوقاف وفتح لكل الدارسين من شتي أقطار العالم الإسلامي وكانت الدراسة والإقامة به بالمجان.
وفي 17 ديسمبر 1267 أقيمت صلاة الجمعة لأول مرة بالجامع الأزهر في عهد الظاهر بيبرس سلطان مصر، بعد أن انقطعت فيه نحو قرن من الزمان على يد صلاح الدين الذي أبطل الخطبة بالجامع الأزهر حيث كان معقلا للشيعة الإسماعيلية.
كان عبارة عن صحن تطل عليه ثلاثة أروقة، أكبرها رواق القبلة، وكانت مساحته وقت إنشائه تقترب من نصف مساحته الآن. ثم أضيفت له مجموعة من الأروقة ومدارس ومحاريب ومآذن غيرت من معالمه.
وأول عمارة له قام بها الخليفة الفاطمي الحافظ لدين الله، عندما زاد في مساحة الأروقة وأقام قبة جصية منقوشة نقشًا بارزًا.
وفي العصر المملوكي قام الأمير عزالدين أيدمر بتجديد الأجزاء التي تصدعت منه، وضم ما اغتصبه الأهالي من ساحته. واحتفل فيه بإقامة صلاة الجمعة في يوم (18 ربيع الأول سنة 665هـ/19 من نوفمبر 1266م).
وفي عهد السلطان المملوكي الناصر محمد بن قلاوون أنشأ الأمير علاء الدين طيبرس المدرسة الطيبرسية وألحقها بالجامع الأزهر.
وأنشأ الأمير علاء الدين آقبغا 1340م المدرسة الأقبغاوية على يسار باب المزينين وبها محراب ومنارة.
أقام الأمير جوهر القنقبائي خازندار السلطان المملوكي الأشرف برسباي المدرسة الجوهرية في الطرف الشرقي من الجامع وتضم أربعة إيوانات، وألحقها بالمسجد.
وقام السلطان المملوكي قايتباي المحمودي في عهد المماليك الجراكسة بهدم الباب بالجهة الشمالية الغربية للجامع، وأقام على يمينه سنة 1468م مئذنة من أجمل مآذن القاهرة.
ثم قام السلطان المملوكي قنصوه الغوري ببناء المئذنة ذات الرأسين وهي أعلى مآذن الأزهر.
وكان عبدالرحمن كتخدا قد أضاف سنة 1753م مقصورة جديدة لرواق القبلة يفصل بينها وبين المقصورة الأصلية قوائم من الحجر ترتفع عنها ثلاث درجات وبها ثلاثة محاريب، وفي الواجهة الشمالية الغربية التي تطل حاليا على ميدان الأزهر أقام كتخدا بابا يتكون من بابين متجاورين، عرف أحدهما بباب المزينين لأن المزينين (الحلاقين) كانوا يجلسون أمامه. والثاني أطلق عليه باب الصعايدة وبجوارهما مئذنة لا تزال قائمة حاليًا.
